宏基因组学二代测序技术在感染性呼吸系统疾病病原体诊断中的应用进展

呼吸系统感染发病率高,早期明确感染的病原体是提高治愈率、降低死亡率的关键。目前病原体培养仍是临床病原学诊断的主要方式,但其敏感性低、耗时较长,不利于早期诊断和治疗。宏基因组学测序技术具有覆盖病原体广泛、快速、无偏倚、无需特异性扩增的优势,在鉴定罕见、混合感染、免疫抑制患者感染和常规检测方法难以检测到病原体的诊断中有较高的临床应用价值;但其也有特异性较低、公认判读标准缺乏、测序结果与治疗关系不明确、耐药基因检测困难、价格较高等不足。在临床应用中,宏基因组学测序与传统微生物检测技术具有相互补充的作用,两者结合使用能够提高临床诊断效能。本文就近年来宏基因组学测序方法在临床的应用进展进行综述。     

长链非编码RNA在阿尔茨海默病中的研究进展

阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)是常见的神经退行性疾病,也是最为常见的一类老年痴呆类型.AD主要的病理变化包括淀粉样蛋白(amyloid-β,Aβ)沉积、tau蛋白过度磷酸化、胆碱能神经元的缺失、神经炎症以及代谢障碍等.然而,有关AD具体的发病机制和分子谱尚不清楚,这给AD的诊断和治疗带来很...     

高通量细菌鉴定方法研究进展

高通量细菌鉴定是微生物领域的重要研究课题,对于疾病诊断和环境监测具有重要意义。相比传统的表型鉴定方法,分子遗传学鉴定方法具有稳定性高、检测周期短以及成本较低等特点,成为了主流的鉴定方法。特别是下一代DNA测序技术、核酸分子检测基础上的细菌检测芯片、质谱技术基础上的蛋白质图谱分析为高通量、快速、准确乃至定量的细菌鉴定提供了可行性方案。     

分子生物学技术在肠道菌群研究中的进展

人的肠道中栖息着大量微生物,这些微生物与宿主形成一个相互依赖且相互制约的微生态系统。肠道菌群结构与遗传、饮食、疾病、环境等因素存在千丝万缕的联系,其地位与作用相当于一个后天获得的"器官",对人体的消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节、抗病等诸多方面有不可替代的作用,因此,研究人的肠道菌群具有十分重要的意义和作用。本综述着重论述荧光原位杂交(FISH)、基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(Polymerase chain reaction denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术、实时荧光定量PCR(Real-time polymerase chain reaction)技术、基因芯片(Gene chip)技术及以焦磷酸测序平台为代表的第二代测序技术等多种分子生物学技术在肠道菌群研究方面的应用,并对未来肠道菌群方面的研究进行展望。     

苹果叶绿体基因组特征分析

苹果（Malus×domestica）是最重要的温带水果之一。为了能更好的了解本种的分子生物学基础．对已发布的苹果叶绿体全基因组序列进行了结构特征分析。结果显示苹果的叶绿体基因组全长为160068bp,具有典型的被子植物叶绿体基因组的环状四分体结构,包含大单拷贝区（LSC）,小单拷贝区（SSC）和两个反向互补重复区（IRs）,长度分别为88184bp,19180bp和26352bp。基因组共有135个基因（20个基因分布在反向互补重复区,因此整个基因组包含115个不同的基因）。按照功能进行分类,这115个基因包括81个蛋白质编码基因,4个rRNA编码基因和30个tRNA基因。其中,ycf15．ycf68和infA三个基因包含多个终止密码子,推测可能为假基因。苹果的基因组结构．基因顺序．GC含量和密码子使用偏好均与典型的被子植物叶绿体基因组类似。在苹果的叶绿体基因组中,共检测到30个大于30bp的重复序列,其中包括21串联重复,6个正向重复和3个反向重复序列;并检测到237个简单重复序列（SSR）位点,大部分的SSR位点都偏向于A或者T组成。此外,每10000bp非编码区平均分布有24个SSR位点,而编码区平均有5个SSR位点,表明SSRs在叶绿体基因组上的分布是不均匀的。本文对苹果叶绿体基因组序列特征的报道,将有助于促进该种的居群遗传学、系统发育和叶绿体基因工程的研究。     

“第六届全国微生物遗传学学术研讨会”将在温州召开

正为展示我国微生物遗传学研究的最新成果、加强学术交流、推动微生物遗传学及组学时代微生物学的发展,由中国遗传学会微生物遗传专业委员会主办、温州医科大学和浙江省微生物学会等联合承办的"第六届全国微生物遗传学学术研讨会"将于2014年9月16~19日在浙江省温州市召开。一、论文征集范围1、微生物基因组和功能基因组学;2、微生物(细菌、古菌、真菌、病毒)分子遗传学;3、微生物遗传与代谢调控;4、微     

社鼠（Niviventer confucianus）线粒体基因组全序列分析

社鼠（Niviventer confucianus）属于啮齿目（Rodentia）、鼠科（Muridae）、白腹鼠属（Niviventer）,关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列,提取其基因组总DNA,参照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物,利用PCR扩增全部片段后进行测序,之后对其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明,社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp（GenBank收录号：KJ152220）,包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区;基因组核苷酸组成为34.0%A、28.6%T、24.9%C、12.5%G。将所得序列与社鼠近缘物种（川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠）的线粒体全基因组进行比较,结果显示,四个物种的线粒体基因组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区长度和碱基组成上有差异,但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体全基因组间的遗传距离显示,社鼠与川西白腹鼠距离最近,而与小家鼠距离最远。该研究为利用线粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。     

巨膜长蝽的形态特征和生物学特性

【目的】近年来巨膜长蝽Jakowleffia setulosa(Jakovlev)由以往稳定种群的荒漠昆虫上升为暴发性发生并迁移至农区危害的农业害虫。由于缺乏对巨膜长蝽基础生物学的相关研究,对其开展监测预警和农业防治存在困难。开展巨膜长蝽个体生物学研究,填补研究空白对于有效监测预报和防控提供可靠的依据,同时能为下一步分析巨膜长蝽成灾规律提供基础数据。【方法】本文通过室内观察和野外调查相结合,系统阐明该种形态特征、生活史、习性和行为等生物学特性。【结果】巨膜长蝽在宁夏中部干旱带一年发生2代,5月中旬和10月中下旬是两个发生高峰期,6月中旬至8月中旬以成虫进入滞育状态,11月下旬以成虫越冬;雌成虫的平均寿命为(32.14±2.34)d,雄成虫的平均寿命为(28.00±3.13)d,雌雄性比为1︰1.9,有多次交尾多次产卵的习性,每头雌虫抱卵量10粒左右,平均产卵量10~15粒左右;食性杂,群居危害,喜食白茎盐生草(Halogeton arachnoideus)等沙生草本植物的种子。【结论】该虫具有以成虫形态越冬和滞育、迁移性强等生物学特性。在生态环境发生较大变动后,能够经历逆境后迅速恢复种群并迁移危害。宁夏中南部地区种植结构调整,极大改变了该地区的荒漠生态环境,促使巨膜长蝽在经过夏季高温滞育恢复种群后无法获得足够野生寄主的情况下,大规模迁入农田系统危害。     

小麦蚜虫田间调查及监测技术

小麦蚜虫是世界范围内小麦生产中一类重要害虫。针对麦蚜世代历期短、繁殖力强,具有趋光、趋化及迁飞等生物学及行为习性;在田间多呈聚集分布,且麦蚜易受寄主植物抗性、天敌、气象因素及农田生态条件等生物与非生物因素影响等发生为害特点,本文阐述了我国小麦蚜虫田间调查、监测技术及防治策略,以期为我国小麦蚜虫综合防控提供基础科学支撑。     

印度小裂绵蚜在土壤中的垂直分布及其种群消长

【目的】印度小裂绵蚜Schizoneurella indica Hille Ris Lambers是在云南昭通苹果上发现的一种新害虫,发生普遍且严重。研究印度小裂绵蚜种群在土壤中的垂直分布及其消长动态是为了掌握其发生与危害特点。【方法】2002—2006年,我们采用盆栽和田间调查的方法对印度小裂绵蚜在土壤中的垂直分布和种群消长开展了研究。【结果】印度小裂绵蚜田间种群数量高峰期主要集中发生在9—12月,5—7月份为其田间种群快速增长期,种群增长率可达200%~273%。印度小裂绵蚜无翅蚜种群在0~30 cm的土壤范围内占总虫量的49.0%,30~60 cm的占27.0%,>60 cm的占24.0%。无翅蚜的各虫龄全年均有发生,冬季以第4龄若虫和无翅成虫为主。有翅蚜的发生全年只有1个时期,为11月上旬至12月下旬。【结论】印度小裂绵蚜田间种群数量全年发生1个高峰期,主要集中在0~30 cm的土壤范围内,随着土壤深度的增加,印度小裂绵蚜种群数量亦逐渐下降。田间有翅蚜虫量极少,较难观察到。